In Far Cry spielen Sie den ehemaligen Elite-Soldat der US Marines Jack Carver. Er hat sich zur Ruhe gesetzt und verdient sein Geld nun mit Bootsfahrten in Mikronesien (Südpazifik). Er soll die Journalistin Valerie Constantine zu einer nicht auf Karten verzeichneten Inselgruppe bringen, da Valerie dort angeblich Bilder von japanischen Ruinen aus dem 2. Weltkrieg machen will.

Im ersten Level findet man einen Pocket PC mit Bildübertragung, über das sich die mysteriöse Figur Harlan Doyle meldet. Er informiert den Spieler über seine Lage und hilft mit nützlichen Hinweisen. Doyle unterstützt Jack außerdem mit wichtigen Informationen über feindliche Kräfte, wie sie geschwächt und sabotiert werden können und schmuggelt ihn manchmal sogar auf einem Boot durch Patrouillen. Doch lässt er Jack über seine eigene Funktion auf den Inseln im Dunkeln und vertieft die gegebenen Informationen nicht weiter.

Zu Beginn des Spiels steht die Suche nach der gefangenen Valerie Constantine im Vordergrund, später ist Jacks Ziel die Flucht von den Inseln. Valerie Constantine ist eine Journalistin, welche bei der Reise auf nicht verzeichnete Inseln angeblich auf der Suche nach Bildern von japanischen Ruinen aus dem 2. Weltkrieg ist. Dabei wird sie gefangen genommen von Söldnern Dr. Kriegers. Später stellt sich heraus, dass sie CIA-Agentin ist und Kriegers Machenschaften aufdecken will.

Dr. Krieger befindet sich wegen einiger Forschungsreihen auf der Insel. In einem öffentlichen Presseinterview gibt er bekannt, dass er dort für die Zukunft der Menschheit forschen will. Dabei findet man im Laufe des Spiels geheime Labore auf den Inseln, in denen Mutanten (so genannte Trigene), die mit einer das Erbgut verändernden Substanz, welche im Spiel „Mutagen“ genannt wird, behandelt bzw. gezüchtet werden. Durch einen unvorhersehbaren Unfall geraten die Mutanten außer Kontrolle und machen sich weitestgehend selbstständig. So sind sie eine sehr ernst zu nehmende Gefahr für die Söldner und Jack Carver. Dr. Krieger ist ebenso der Endgegner im Spiel.